ابتدا دانشجو باید حیطه پایان نامه خود را مشخص کند. به طور معمول، این موضوع به علاقه شخصی دانشجو باز می‌گردد. سپس دانشجو در همان حيطه، استاد راهنماي مورد علاقه خود را انتخاب و براي تعيين موضوع مناسب براي با وي مشورت مي‌نمايد. اساتيد راهنما با در نظر گرفتن مقطع تحصيلي دانشجو و معيارهاي آموزشي و پژوهشي لازم، در انتخاب موضوع پايان نامه به دانشجو کمک مي‌کنند. بررسی محتوای پروپوزال شامل تازگی موضوع، انطباق موضوع انتخاب شده با اولویت‌های ملی و استاني، درستي و کامل بودن مقدمه و ضرورت اجرا و مرور متون، درستي و کامل بودن روش اجرا، ملاحظات اخلاقي پژوهش، ميزان مشارکت دانشجو در فعاليت‌هاي اجرايي پايان نامه، دستاوردهاي حاصل از اجراي پژوهش مانند انتشار مقاله يا ارائه محصول يا فناوري. 

کافیست پروپوزال اصلاح شده‌ای که در شورای پژوهشی دانشکده به تصویب رسیده است را در سامانه پژوهشيار به نام استاد راهنماي اول پايان نامه وارد نمود. در اين حالت، در صورتي که استاد راهنما تمايل داشته باشد طرح تحقيقاتي را در گروه آموزشي مربوط به خود اجرا نمايد، بايستي مکان ارسال پروپوزال طرح تحقيقاتي خود را «دانشکده پزشكي» انتخاب نمايد. دانشكده پزشكي به طور مستقيم طرح را براي بررسي و تصويب نهايي به معاونت تحقيقات و فناوري دانشگاه ارسال خواهد نمود. اما در صورتي كه طرح تحقيقاتي از حمايت‌هاي ساير زيرمجموعه‌هاي پژوهشي دانشگاه (شامل مراكز تحقيقاتي و مراكز آموزشي درماني) برخوردار مي‌شود، بايستي مكان ارسال پروپوزال طرح تحقيقاتي را آن «زير مجموعه پژوهشي» انتخاب نمود. 

با تکمیل کاربرگ ج-۱-A توسط اساتید محترم راهنما، مشاور و مدیر گروه، کاربرگ ج-۱-B توسط معاونت آموزشی دانشکده. دانشجویان پزشکی، کارشناسي ارشد و دستياري بايستي علاوه بر اين، مستندات ارسال يك مقاله از گزارش نهايي پايان نامه براي يكي از ژورنال‌هاي علمي پژوهشي را نيز ارائه كنند. الف) اجازه برگزاری جلسه دفاع دانشجو ب) مدیریت جلسه دفاع دانشجو ج) مشارکت در ارزشیابی دانشجو د) اعلام نمره اولیه دانشجو در جلسه دفاع (در صورت لزوم).